R 데이터 재구조화 reshape 패키지 melt(), cast() 함수, reshape2의 acast(), dcast() 함수, tidyverse의 spread() 함수
R 분석과 프로그래밍/R 데이터 전처리 2015. 8. 29. 11:31DB에 들어있는 데이터를 내렸을 때, 설문조사 데이터를 받았을 때, 원천 거래 데이터를 받았을 때, 혹은 분석 과정 중의 데이터 셋이 분석가가 하고자 하는 통계분석, 데이터마이닝 분석이나 ggplot2 등의 그래프/시각화를 위해 필요한 데이터 구조로 딱 맞아떨어지지 않는 경우가 굉장히 많습니다.
이때 필요한 것이 데이터를 분석 목적, 기법에 맞게 자유자재로 변형하여 재구조화하는 일입니다.
엑셀에서 Pilvot Table 생성하는 것이 제일 이해하기 쉬운 예가 될거 같습니다. 세로로 길게 늘어서 있는 원 데이터를 가로와 세로로 틀을 잡아 주고, 가운데에는 value 값에 대해서 개수를 센다든지, 합계를 낸다든지, 평균을 구한다든지 하는 함수를 적용하는 것을 해보셨을 겁니다.
비유를 해보자면, 레고블록으로 높이 세워진 탑을 모양과 색깔별로 레고 블록을 잘 분해한 다음에, 이를 재료로 해서 가로와 세로로 넓게 펴고 높이는 낮추어서 새로운 탑을 만드는 것이라고 생각해보는 것도 이해하는데 도움이 될거 같습니다.
이때 데이터 재구조화하는 기준 변수를 무엇으로 하느냐, 가로로 길게 늘어뜨릴 변수는 또 무엇으로 하느냐, 가운데에 값을 볼 때 무슨 함수를 사용해서 값을 계산해서 볼 것이냐에 따라서 다양한 경우의 수가 발생하게 됨에 따라 말로 모든 것을 설명하는 것이 무리가 있습니다. 따라서 아래에 reshape 패키지의 melt(), cast() 함수를 몇 가지 경우의 수에 적용해 보면서 원래 값이 이후에 어떻게 바뀌는지를 유심히 보시고, 필요한 상황에 맞는 R script를 참고하시면 되겠습니다.
[ reshape 패키지 내 melt()함수, cast() 함수 사용 데이터 재구조화 예시 ]
예제로 사용할 데이터는 MASS 패키지에 내장되어 있는 Cars93 데이터 프레임의 차종(Type), 제조국(Origin), 도시 연비(MPG.city), 고속도로 연비(MPG.highway) 4개의 변수를 사용해서 몇가지의 경우의 수를 조합해 가면서 데이터를 녹였다가 (melt) 재구조화 (cast) 를 해보겠습니다.
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데이터 양이 너무 많으면 melt(), cast()를 적용했을 때 데이터 구조가 변화하는 모양을 보기가 쉽지 않기 때문에 차종(Type) 중에서 개수가 적은 "Compact"와 "Van" 만 선별해서 예제로 사용하겠습니다.
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> table(Cars93$Type) Compact Large Midsize Small Sporty Van 16 11 22 21 14 9 > > Cars93_sample <- subset(Cars93, + select = c(Type, Origin, MPG.city, MPG.highway), + subset = (Type %in% c("Compact", "Van"))) > > Cars93_sample Type Origin MPG.city MPG.highway 3 Compact non-USA 20 26 12 Compact USA 25 36 13 Compact USA 25 34 16 Van USA 18 23 17 Van USA 15 20 21 Compact USA 23 28 25 Compact USA 22 27 26 Van USA 17 21 33 Compact USA 22 27 36 Van USA 15 20 43 Compact non-USA 24 31 55 Compact non-USA 26 34 56 Van non-USA 18 24 58 Compact non-USA 20 29 65 Compact non-USA 24 30 66 Van non-USA 17 23 68 Compact USA 24 31 70 Van USA 18 23 74 Compact USA 23 31 78 Compact non-USA 20 26 82 Compact non-USA 23 30 87 Van non-USA 18 22 89 Van non-USA 17 21 90 Compact non-USA 21 30 92 Compact non-USA 21 28 > dim(Cars93_sample) [1] 25 4 |
reshape 패키지의 melt(), cast() 함수를 이용한 데이터 재구조화 |
R의 reshape 패키지는 별도의 설치가 필요합니다.
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# reshape package installation, library > library(reshape) |
이제 melt(data, id.vars, measure.vars) 함수를 사용해서 기존 데이터셋을 녹여보도록 하겠습니다.
> # melt() > Cars93_sample_melt <- melt(data = Cars93_sample, + id.vars = c("Type", "Origin"), + measure.vars = c("MPG.city", "MPG.highway")) > > Cars93_sample_melt Type Origin variable value 1 Compact non-USA MPG.city 20 2 Compact USA MPG.city 25 3 Compact USA MPG.city 25 4 Van USA MPG.city 18 5 Van USA MPG.city 15 6 Compact USA MPG.city 23 7 Compact USA MPG.city 22 8 Van USA MPG.city 17 9 Compact USA MPG.city 22 10 Van USA MPG.city 15 11 Compact non-USA MPG.city 24 12 Compact non-USA MPG.city 26 13 Van non-USA MPG.city 18 14 Compact non-USA MPG.city 20 15 Compact non-USA MPG.city 24 16 Van non-USA MPG.city 17 17 Compact USA MPG.city 24 18 Van USA MPG.city 18 19 Compact USA MPG.city 23 20 Compact non-USA MPG.city 20 21 Compact non-USA MPG.city 23 22 Van non-USA MPG.city 18 23 Van non-USA MPG.city 17 24 Compact non-USA MPG.city 21 25 Compact non-USA MPG.city 21 26 Compact non-USA MPG.highway 26 27 Compact USA MPG.highway 36 28 Compact USA MPG.highway 34 29 Van USA MPG.highway 23 30 Van USA MPG.highway 20 31 Compact USA MPG.highway 28 32 Compact USA MPG.highway 27 33 Van USA MPG.highway 21 34 Compact USA MPG.highway 27 35 Van USA MPG.highway 20 36 Compact non-USA MPG.highway 31 37 Compact non-USA MPG.highway 34 38 Van non-USA MPG.highway 24 39 Compact non-USA MPG.highway 29 40 Compact non-USA MPG.highway 30 41 Van non-USA MPG.highway 23 42 Compact USA MPG.highway 31 43 Van USA MPG.highway 23 44 Compact USA MPG.highway 31 45 Compact non-USA MPG.highway 26 46 Compact non-USA MPG.highway 30 47 Van non-USA MPG.highway 22 48 Van non-USA MPG.highway 21 49 Compact non-USA MPG.highway 30 50 Compact non-USA MPG.highway 28 > dim(Cars93_sample_melt) [1] 50 4
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이렇게 melt()함수를 사용해 녹인 데이터를 cast()함수를 사용해서 재구조화 해보겠습니다. 세로와 가로에 무슨 변수를 넣을지가 결정되었다면 아래의 예제를 참고해서 원하는 구조에 맞게 R script를 작성하시면 되겠습니다. (말로 설명하기가 쉽지가 않습니다 ^^;) function 란에는 R에서 사용할 수 있는 통계량 함수를 사용하면 되며, 이번 예제에서는 평균(mean) 함수를 사용하였습니다.
> # cast() > options(digits=3) # 소숫점 너무 밑에 까지 나오지 않도록 설정 > > # 한개의 id.var 기준(세로) & variable(가로) 조합의 value 값에 mean 함수 적용 > cast(data = Cars93_sample_melt, Type ~ variable, fun = mean) Type MPG.city MPG.highway 1 Compact 22.7 29.9 2 Van 17.0 21.9 > cast(data = Cars93_sample_melt, Origin ~ variable, fun = mean) Origin MPG.city MPG.highway 1 USA 20.6 26.8 2 non-USA 20.7 27.2 > > cast(data = Cars93_sample_melt, Type + Origin ~ variable, fun = mean) Type Origin MPG.city MPG.highway 1 Compact USA 23.4 30.6 2 Compact non-USA 22.1 29.3 3 Van USA 16.6 21.4 4 Van non-USA 17.5 22.5 > > cast(data = Cars93_sample_melt, Type ~ Origin + variable, fun = mean) Type USA_MPG.city USA_MPG.highway non-USA_MPG.city non-USA_MPG.highway 1 Compact 23.4 30.6 22.1 29.3 2 Van 16.6 21.4 17.5 22.5 > cast(data = Cars93_sample_melt, Origin ~ Type + variable, fun = mean) Origin Compact_MPG.city Compact_MPG.highway Van_MPG.city Van_MPG.highway 1 USA 23.4 30.6 16.6 21.4 2 non-USA 22.1 29.3 17.5 22.5 > > cast(data = Cars93_sample_melt, Type + variable ~ Origin, fun = mean) Type variable USA non-USA 1 Compact MPG.city 23.4 22.1 2 Compact MPG.highway 30.6 29.3 3 Van MPG.city 16.6 17.5 4 Van MPG.highway 21.4 22.5 Origin variable Compact Van
1 USA MPG.city 23.4 16.6
2 USA MPG.highway 30.6 21.4
3 non-USA MPG.city 22.1 17.5
4 non-USA MPG.highway 29.3 22.5
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reshape2 패키지의 acast() 함수를 이용한 데이터 재구조화 |
> library(gcookbook) > data(cabbage_exp) > cabbage_exp Cultivar Date Weight sd n se 1 c39 d16 3.18 0.9566144 10 0.30250803 2 c39 d20 2.80 0.2788867 10 0.08819171 3 c39 d21 2.74 0.9834181 10 0.31098410 4 c52 d16 2.26 0.4452215 10 0.14079141 5 c52 d20 3.11 0.7908505 10 0.25008887 6 c52 d21 1.47 0.2110819 10 0.06674995 > > #install.packages("reshape2") > library(reshape2) > cabbage_exp_cast <- acast(data = cabbage_exp + , Cultivar ~ Date + , value.var = 'Weight' + , fun.aggregate = mean + #, fill = 0 # if you want to fill the missing value with '0' + , drop = TRUE) > cabbage_exp_cast d16 d20 d21 c39 3.18 2.80 2.74 c52 2.26 3.11 1.47
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tidyverse 패키지의 spread() 함수를 이용한 데이터 재구조화 |
> # load data > library(gcookbook) > data(cabbage_exp) > cabbage_exp Cultivar Date Weight sd n se 1 c39 d16 3.18 0.9566144 10 0.30250803 2 c39 d20 2.80 0.2788867 10 0.08819171 3 c39 d21 2.74 0.9834181 10 0.31098410 4 c52 d16 2.26 0.4452215 10 0.14079141 5 c52 d20 3.11 0.7908505 10 0.25008887 6 c52 d21 1.47 0.2110819 10 0.06674995 > > # reshape data using tidyverse > library(tidyverse) > > # melt first (long format) > cabbage_exp_melt <- cabbage_exp %>% + group_by(Cultivar, Date) %>% + summarise(Weight = mean(Weight)) > > # cast second (wide format) > cabbage_exp_cast <- spread(cabbage_exp_melt, key = c("Date"), value = "Weight", fill = 0) > > print(cabbage_exp_cast) # A tibble: 2 x 4 # Groups: Cultivar [2] Cultivar d16 d20 d21 <fct> <dbl> <dbl> <dbl> 1 c39 3.18 2.8 2.74 2 c52 2.26 3.11 1.47
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